Το κλίμα της Βιάννου είναι εύκρατο του θαλάσσιου μεσογειακού τύπου που σημαίνει ότι οι βροχές περιορίζονται στο χειμώνα, ενώ το καλοκαίρι επικρατεί ξηρασία, δηλαδή ανομβρία με υψηλή θερμοκρασία. Η γεωμορφολογική της ποικιλία συνεπάγεται ασφαλώς διαφορετικές κατά τόπους κλιματολογικές συνθήκες. Στα ορεινά οι βροχές είναι περισσότερες και σημειώνεται και εκτεταμένη χιονοκάλυψη, κάτι άγνωστο για την πεδινή-παραλιακή ζώνη που θεωρείται ως η πιο θερμή και ξηρή περιοχή της Ελλάδος, με το πιο ωραίο και ήπιο υγιεινό κλίμα της Ευρώπης. Δεν είναι τυχαίο ότι είναι η μοναδική περιοχή της Κρήτης όπου καλλιεργούνται μπανάνες και οπωροκηπευτικά σε όλη τη διάρκεια του χρόνου. Παρά τις κατά τόπους θερμοκρασιακές διακυμάνσεις, η μέση ετήσια θερμοκρασία είναι περίπου 20οC.

Τα βασικά κλιματολογικά δεδομένα της περιοχής είναι:
Μέση ετήσια θερμοκρασία: 19,6 0C
Μέση σχετική υγρασία: 65 %
Μέση ετήσια ηλιοφάνεια 265 ημέρες.