Οι αρχαιολογικές θέσεις του Δήμου Βιάννου είναι πολλές και σημαντικές. Παρότι ανασκαφές ή συστηματικές αρχαιολογικές έρευνες έχουν γίνει σε πολύ λίγες, είναι πλέον κοινός τόπος μεταξύ ειδικών ότι στην ευρύτερη περιοχή του σημερινού Δήμου άκμασαν σπουδαίοι πολιτισμοί και αναπτύχθηκαν μερικές από τις πιο σημαντικές κοινωνίες της αρχαιότητας. Ο θολωτός τάφος με το πλήθος λίθινων και πήλινων αγγείων, σφραγίδων, ταφικών πίθων και άλλων ευρημάτων που έφερε στην επιφάνεια ο αρχαιολόγος Ν. Πλάτωνας στη θέση Γαλανά Χαράκια αποτελούν ένδειξη ότι η Βιάννος κατοικείται ήδη από τα προανακτορικά μινωικά χρόνια.

Οι πιο γνωστές σήμερα αρχαιολογικές θέσεις είναι η αρχαία 'Αρβη, το Ιερό του Ερμή και της Αφροδίτης στη Σύμη, το μακροβιότερο σε λειτουργία Ιερό της αρχαιότητας, ο μινωικός οικισμός στο Χόντρο και το Καστρί, όπου οι ανασκαφές που έγιναν έφεραν στην επιφάνεια ευρήματα ενός σπουδαίου μινωικού οικισμού των Μετανακτορικών χρόνων, η αρχαία Βίενος ή Βιάνος . Η πόλη αυτή υπήρξε μία από τις σπουδαιότερες πόλεις της Κρήτης, από την περίοδο της αρχαιότητας μέχρι τους βυζαντινούς χρόνους, άκμασε κυρίως στην Ελληνορωμαϊκή περίοδο και είχε και δικό της νόμισμα και η θέση Λούτρα, στο Δημοτικό Διαμέρισμα της Εμπάρου, όπου μετά από αρχαιολογικές έρευνες ανακαλύφθηκαν ευρήματα που ανήκουν, πιθανόν, στη μεσομινωική εποχή, όπως και ερείπια οικισμών που χρονολογούνται από τον 4ο αιώνα π.Χ.

Η γειτνίασή της με το Λιβυκό πέλαγος ήταν ένας από τους λόγους που η Βιάννος από νωρίς αποτέλεσε στόχο επιδρομών των πειρατών και άλλων κατακτητών. Ακόμα και σήμερα στις ιστορίες των γεροντότερων, διασώζονται περιγραφές από καταστροφές και λεηλασίες των χωριών από τους κουρσάρους των θαλασσών, τις αιχμαλωσίες ανδρών και γυναικών που αποτελούσαν "πολύτιμο εμπόρευμα στα σκλαβοπάζαρα της Ανατολής και της Αφρικής". Οι πειρατές αποβιβάζονταν συνήθως στους όρμους της Ψαρής Φοράδας, του Κερατόκαμπου, της 'Αρβης και αλλού, ανέβαιναν στα ορεινότερα χωριά και τα ρήμαζαν. Στην 'Ανω Βιάννο φαίνεται πως έπαιρναν τους κατοίκους από τα σπίτια τους, τους θεωρούσαν σκλάβους και τους συγκέντρωναν σε μια τοποθεσία νοτιοδυτικά του χωριού για να τους τρομοκρατήσουν αρχικά και να προβούν στη συνέχεια ανενόχλητοι, στις λεηλασίες και στις ληστείες που ήθελαν. Η τοποθεσία αυτή σήμερα λέγεται "Σκλαβό".